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El Proceso de nitrificación, que se realiza en dos fases, es aquél en el que el amonio se oxida a nitrito primero por la acción de las bacterias amonio-oxidantes Y a nitrato después por acción de las bacterias nitrito-oxidantes. En la Nitrificación se acidifica el medio y en la desnitrificación se recupera Alcalinidad y sube el pH. El Paso de oxidación de amonio a nitrito lo realizan las bacterias Amonio-oxidantes (AOB). Las AOB que aparecen en EDAR de manera más común son del género Nitrosomonas. Estas bacterias son sensibles a pH excesivamente alto, a bajas temperaturas y a Bajas concentraciones de oxígeno disuelto. Las Bacterias que oxidan el nitrito a nitrato son las bacterias nitrito-oxidantes (NOB), Nitrospira y Nitrobacter. El primer género se adapta mejor a las Condiciones de bajas concentraciones de nitrito y oxígeno disuelto mientras que Nitrobacter se adapta mejor en concentraciones más altas que se dan por ejemplo En reactores Batch.

Desnitrificación: En La eliminación del nitrógeno de manera biológica el segundo paso lo llevan a Cabo las bacterias desnitrificantes. En EDAR principalmente aparece el género Pseudomonas, aunque hay muchos otros. Son sobre todo bacterias heterótrofas Facultativas que tienen la capacidad de utilizar el nitrato como aceptor de Electrones en lugar del oxígeno cuando se encuentran en condiciones de Anóxia. Los Parámetros más importantes que afectan a las dinámicas de poblaciones de las Bacterias son su velocidad de muerte y su velocidad de crecimiento. La Concentración de sus respectivos sustratos y Concentración del aceptor de electrones utilizado en cada caso, ya sea oxígeno Disuelto en el caso de las nitrificantes o nitrato en el caso de las Desnitrificantes. Afectan también factores como la temperatura o el pH. Principal problema puede ser que el exceso De aireación y la elevada cantidad de oxígeno disuelto contaminen el volumen Del reactor en el que se pretende realizar la desnitrificación, de hecho, es un Error muy común cuando el caudal de recirculación interna es muy elevado.

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